Οι διαμάχες πολιτικών και στρατιωτικών, που ξέσπασαν στο πρώτο έτος της Επανάστασης οξύνθηκαν μετά την ολοκλήρωση της Β’ Εθνοσυνέλευσης στο Άστρος στις 18 Απριλίου 1823. Έτσι ξεκίνησε ο δεύτερος κύκλος της εµφύλιας σύγκρουσης (Οκτώβριος 1824 – Μάιος 1825), που οδήγησε στη φυλάκιση του Θεόδωρου Κολοκοτρώνη στην Ύδρα.
Οι «Αντικυβερνητικοί» κατηγορούσαν τους «Κυβερνητικούς» ότι θέλουν να παραδώσουν την Ελλάδα στους Άγγλους, ενώ οι «Κυβερνητικοί» εξέφραζαν τους φόβους για τις δικτατορικές τάσεις των στρατιωτικών.
Οι «Κυβερνητικοί» είχαν ισχύ γιατί συσπείρωναν τους νησιώτες εφοπλιστές και κεφαλαιούχους, τους περισσότερους Ρουμελιώτες οπλαρχηγούς, το μεγαλύτερο μέρος των Πελοποννησίων γαιοκτημόνων, τους Έλληνες του εξωτερικού και τους περισσότερους φιλέλληνες. Είχαν πολιτική δύναμη και στα χέρια τους το πρώτο δάνειο της ανεξαρτησίας.
Απέναντί τους ο Κολοκοτρώνης έδειχνε αποδυναμωμένος και αναγκάστηκε να συμβιβαστεί με τον Κουντουριώτη για τον τερματισμό των εχθροπραξιών. Ο Κολοκοτρώνης στις 22 Μαΐου 1824 αναγνώρισε την κυβέρνηση Κουντουριώτη, η οποία στις αρχές Ιουλίου χορήγησε αμνηστία στους αντιπάλους της. 
Ο Υδραίος πλοιοκτήτης και νέος πρόεδρος του Εκτελεστικού («πρωθυπουργός») Γεώργιος Κουντουριώτης περιγράφει µε γλαφυρά λόγια στον αδελφό του το απόλυτο αδιέξοδο στο οποίο είχε βρεθεί η Επανάσταση τρία µόλις χρόνια µετά την εκδήλωσή της:
«∆εν δύναµαι να σε περιγράψω εις πόσην ελεεινήν κατάστασιν ευρίσκονται τα πράγµατα της Πατρίδος· και τούτο προέρχεται από την δυσαρέσκειαν την οποίαν έλαβον τα δύο σώµατα… το εθνικόν ταµείον έφθασεν εις τόσην αχρηµατίαν ώστε δεν έχει δέκα γρόσια· στρατεύµατα πολλά· σίτος διόλου· δύο ηµέρας έχουσι χωρίς ψωµί τα στρατεύµατα και ηγριώθησαν κάµνοντα πολλάς αταξίας εις το Αργος, µ’ έναν λόγον ευρίσκεται η Πατρίς εις τον έσχατον κίνδυνον… τι δρόµον θέλει πιάσει το πράγµα τούτο, ευρίσκοµαι εις άκραν αµηχανίαν».
Από την πλευρά του ο Γεώργιος Ψύλλας, εκδότης της «Εφηµερίδος των Αθηνών», της πρώτης που εκδόθηκε στη µετέπειτα πρωτεύουσα, θα γράψει εµφανώς ανήσυχος στην εφηµερίδα του: «∆ιά το όνοµα του Θεού, αδελφοί, ας ενθυµηθούµεν τι καλόν απολαύσαµεν έως τώρα από αυτήν την διχόνοιαν. Μήπως επιθυµούµεν να χάσωµεν από την Ελλάδα και άλλην Κρήτην, άλλην Κάσσον και άλλα Ψαρρά; Ή µήπως δεν είναι αρκετά γεµάταις οι Επαρχίαις, όπου ακόµη µας σώζονται από αδελφούς µας πεινασµένους, γυµνούς, ξεσπήτωτους, όπου καίγεται η καρδιά του ανθρώπου όταν τους βλέπη».
Οι Πελοποννήσιοι αντιλήφθηκαν ότι είχαν δώσει μεγάλη δύναμη στους νησιώτες Υδραίους και Σπετσιώτες. Οι παλιοί σύμμαχοι έγιναν τώρα εχθροί και οι παλιοί εχθροί σύμμαχοι. Οι νησιώτες τα βρήκαν με τους Ρουμελιώτες και παραμέρισαν τους Πελοποννήσιους προκρίτους που αποχώρησαν από την κυβέρνηση τον Ιούλιο του 1824.
Η αφορμή για τον δεύτερο εμφύλιο ήταν η άρνηση των κατοίκων της Τριφυλλίας να πληρώσουν φόρους στην κυβέρνηση Κουντουριώτη. Αυτός έστειλε στρατεύματα υπό τον Παπαφλέσσα, που εκτελούσε χρέη υπουργού εσωτερικών για να επιβάλει τη θέληση της κυβέρνησης.
Τα ρουµελιώτικα στρατεύµατα εισέβαλαν στη βόρεια Πελοπόννησο. Οι συγκρούσεις είναι ανελέητες και σε ενέδρα έξω από την Τριπολιτσά σκοτώθηκε ο γιος το Κολοκοτρώνη, Πάνος, στις 13 Νοεμβρίου 1824. Ο Γέρος του Μοριά αποσύρθηκε συντετριμμένος στη Βυτίνα θρηνώντας τον χαµό του παιδιού του, που ήταν διοικητής της φρουράς του Ναυπλίου και άξιος διάδοχος του πατέρα του. Ο Γέρος αποφασίζει να μην εμπλακεί περαιτέρω στον εμφύλιο.
Ο Κουντουριώτης με τα χρήματα του δανείου ενίσχυε μικροκαπεταναίους και πλήρωνε τους μισθούς των στρατιωτών τους. Σταδιακά η πλευρά των Πελοποννησίων αποδυναμώθηκε και η πολεμική σύγκρουση σηµατοδότησε µία από τις χειρότερες σελίδες του εµφυλίου. Οι άνδρες του Γεωργίου Καραϊσκάκη και του Γιάννη Γκούρα κατέστρεψαν και λεηλάτησαν Κορινθία και Αχαΐα. Σε λιγότερο από δύο µήνες κάθε αντίσταση είχε καµφθεί.
Οι Τούρκοι την ίδια ώρα αναδιοργανώθηκαν και η σύμπραξη Σουλτάνου και Μοχάμετ Άλι της Αιγύπτου απειλούσε με καταστροφή την Επανάσταση. 
Ο Γέρος, καταρρακωμένος από τη δολοφονία το Νοέμβριο του 1824 του πρωτότοκου παιδιού του, αποφάσισε να θέσει τέλος στον αιματηρό εμφύλιο πόλεμο με την κυβέρνηση. Δέχθηκε να μεταβεί στο Ναύπλιο και να «προσφέρη εις την Διοίκησιν την υπόκλισίν του και την ευπείθειάν του εις τους νόμους της πατρίδος…». Όμως δεν τον πίστεψαν και τον συνέλαβαν στις 6 Φεβρουαρίου 1825.
«Μετά από μια δίκη παρωδία, ο θριαμβευτής του Βαλτετσίου, της Τριπολιτσάς και των Δερβενακίων καταδικάστηκε σε φυλάκιση στο μοναστήρι του Προφήτη Ηλία στην Ύδρα», αναφέρει ο Γ. Πραχαλιάς , μέλος της Εταιρείας Πελοποννησιακών Σπουδών και συμπληρώνει:
«Στην αποβάθρα του Ναυπλίου, καθώς τον μεταφέρουν στο καράβι για Ύδρα, ο στημένος από την κυβέρνηση όχλος τον γιουχάρει, πετώντας του πέτρες και αποφάγια. Μια πέτρα μάλιστα τον τραυματίζει σοβαρά στο δεξί μάτι. Ο Κολοκοτρώνης κοντοστέκεται και τους κοιτάζει με μάτια βουρκωμένα και το αίμα να τρέχει από το μάτι του. Ο όχλος σαστίζει και σταματά την οχλοβοή. Ο Γέρος προτάσσει τα αλυσοδεμένα χέρια του και τους λέει υπερήφανα: Κρίνεται εσείς αν μου πρέπει τέτοια καταισχύνη». Όλοι αφήνουν κάτω τις πέτρες και φεύγουν από ντροπή.
Στην ιστορία πέρασε η αντίδρασή του όταν τον μετέφεραν στο νησί:
«Τι µε κοιτάζετε, βρε Ελληνες; Εγώ είµαι, ο Κολοκοτρώνης. θάλασσα εµένα δεν µε τρώγει, αλλ’ ούτε τα ψάρια»
Στην εξορία του Προφήτη Ηλία είχαν ήδη οδηγηθεί και οι ισχυρότεροι πρόκριτοι και καπεταναίοι του Μοριά. Οι ∆εληγιανναίοι, ο Θεόδωρος Γρίβας, οι Γεώργιος και Χρύσανθος Σισίνης, οι Σωτήρης και Ιωάννης Νοταράς είχαν απομονωθεί με εισήγηση του Κωλέττη.
Είχαν γλιτώσει τον θάνατο, αφού η διοίκηση αποδέχθηκε σχετικές εισηγήσεις, βάσει των οποίων «το ελληνικόν αίµα είναι πολύτιµον και δεν πρέπει να χυθή από τας χείρας των ιδίων Ελλήνων». ∆εν εκτελέστηκαν όμως γιατί φοβήθηκαν τις έντονες λαϊκές αντιδράσεις. Τον Απρίλιο η κυβέρνηση κατάφερε να υποτάξει και τον Οδυσσέα Ανδρούτσο, που ήταν στο πλευρό του Κολοκοτρώνη και στους δύο εμφυλίους. Φυλακίστηκε στην Ακρόπολη και δολοφονήθηκε στις 5 Ιουνίου 1825.
Το Μοναστήρι του Προφήτη Ηλία στην Ύδρα έγινε τόπος φυλάκισης του Κολοκοτρώνη από τους κυβερνητικούς στον ελληνικό εμφύλιο.
Στην Ύδρα ο Κολοκοτρώνης έμεινε φυλακισμένος τέσσερις μήνες. Υπέφερε από τραύμα στο μάτι, ενώ και η γενικότερη κατάσταση της υγείας του είχε κλονιστεί. Εκεί τον φρόντιζε μια αποσχηματισμένη καλόγρια, η Μαργαρίτα, κόρη του Αγγελή Βελισσάρη από τα Χαλκιάνικα, με την οποία συνδέθηκε αισθηματικά. Αργότερα απέκτησε μαζί της και ένα γιό, τον οποίο ονόμασε Παναγιώτη, σε ανάμνηση του αδικοχαμένου πρωτότοκου Πάνου.
Ο Κολοκοτρώνης βγήκε από τη φυλακή, παρά µόνο όταν έφθασε ο Ιµπραήµ πασάς της Αιγύπτου µε τα στρατεύµατά του στην Πελοπόννησο και ο Οθωµανός Μεχµέτ Ρεσίτ πασάς (ο γνωστός Κιουταχής) πολιορκούσε το Μεσολόγγι. Άπαντες αντιλήφθηκαν ότι δεν υπήρχε άλλος ικανός στρατηγός να τον αντιμετωπίσει, παρά µόνο ο Κολοκοτρώνης. Η κυβέρνηση Κουντουριώτη, Κωλέττη, Μαυροκορδάτου δίσταζε να δώσει αμνηστία στον Θεόδωρο Κολοκοτρώνη, αλλά η πίεση τού λαού γινόταν κάθε ημέρα και πιο έντονη.
Η ερήμωση τής Πελοποννήσου δεν ήταν ικανή να τούς πείσει για την αποφυλάκισή του, ενώ σχεδίαζαν να αντιμετωπίσουν τον Ιμπραήμ με τακτικό στρατό μισθοφόρων, τους οποίους θα έφερναν από την Αμερική… Μέχρι να φτάσει αυτός ο στρατός, ο Ιμπραήμ θα είχε σαρώσει και τον Μοριά και την Ρούμελη. 
Τελικά τον αποφυλάκισαν χωρίς όρους και προϋποθέσεις στις 17 Μαΐου 1825 με διάταγμα γενικής αμνηστίας. Ο Κολοκοτρώνης διορίστηκε γενικός αρχιστράτηγος και ο λαός τον υποδέχθηκε στο Ναύπλιο με ενθουσιασμό. Τόσο ο ίδιος, όσο και το Εκτελεστικό έδωσαν όρκους στο Ευαγγέλιο ότι θα ξεχάσουν τα περασμένα και θα αφοσιωθούν ολόψυχα στην σωτηρία τής πατρίδος. Μετά την αποφυλάκισή του, μίλησε ανεβασμένος σε μια πέτρα στο πλήθος:
«Έλληνες! Πριν βγω στ’ Ανάπλι, έριξα στη θάλασσα τα πικρά τα περασμένα. Κάντε και σεις το ίδιο. Στο δρόμο που περνάγαμε για να ρθούμε στην εκκλησιά, είδα να σκάβουν κάποιοι άνθρωποι. Ρώτησα και μου είπαν πως σκάβουν να βρούνε κρυμμένο θησαυρό. Εκεί στο λάκκο μέσα ρίξτε και τα μίση τα δικά σας. Έτσι θα βρεθεί κι ο χαμένος θησαυρός»
Από τον άμβωνα τής εκκλησίας ο Σπυρίδων Τρικούπης εκφώνησε πανηγυρικό λόγο (Λόγοι επικήδειοι καί επινίκειοι – Εν Αιγίνη 1829):
«Κινδυνεύει η Πατρίς. Καί δέν κινδυνεύει βέβαια, διότι δέν έχει στρατεύματα φιλοκίνδυνα καί εμπειροπόλεμα, καί δέν κινδυνεύει, διότι δέν έχει χρηματικούς πόρους. Κινδυνεύει η Πατρίς από ημάς τούς ιδίους, οι οποίοι αποκαταστήσαμεν τό δυστυχισμένον Έθνος παίγνιον τών παθών μας, από ημάς, οι οποίοι αντί νά κλείσωμεν τάς δεινάς του καί παλαιωμένας πληγάς, τού ανοίξαμε νέας καί βαρυτέρας, από ημάς, οι οποίοι αντί νά οδηγήσωμεν εις τόν λιμένα τής σωτηρίας, καί ευδαιμονίας, τό εφέραμεν εις τό χείλος τής αβύσσου καί τούτον διατί; διότι η φιλαρχία πολιορκεί τόν νού μας, ο φθόνος καί τό εμφύλιον μίσος κατατρώγει τά σπλάχνα μας, η ιδιοτέλεια οδηγεί τά έργα μας, αι σκευωρίαι καί τά διαβούλια είναι η πολιτική μας…»
Ο Κολοκοτρώνης κατάλαβε ότι ο Ιμπραήμ δεν ήταν Δράμαλης και επέμενε να καταστρέψει τα τείχη της Τριπολιτσάς και να του στερήσει ένα ισχυρό ορμητήριο στην καρδιά της Πελοποννήσου. Η κυβέρνηση όμως δεν του το επέτρεψε.
Ο Γέρος μη έχοντας αξιόμαχο στράτευμα για να αναμετρηθεί με τον Ιμπραήμ, στράφηκε σε αυτό που γνώριζε καλύτερα απ’ όλους. Τον κλεφτοπόλεμο και την τακτική της «καμένης γης». Έτσι κατόρθωσε να κρατήσει ζωντανή την επανάσταση μέχρι τη Ναυμαχία του Ναβαρίνου, όπου στις 7 Οκτωβρίου 1827 ο τριεθνής στόλος υπό τους ναυάρχους Δεριγνί, Κόδριγκτον και Χέιδεν κατατρόπωσε τον τουρκοαιγυπτιακό και άνοιξε το δρόμο για την ελληνική ανεξαρτησία.
